Yritys merkittiin Nový Jičínin lääninoikeuden yhtiörekisteriin 12. joulukuuta 1900, mikä silloisten lakien mukaan merkitsi sen virallista perustamista.

Olemassaolonsa aikana yhtiö on valmistanut suuren määrän mitä erilaisimpia kulkuneuvoja henkilö- ja tavarakiskoliikenteeseen. Ajan kuluessa Vagonka on käynyt läpi monia tuotannon, organisaation ja omistussuhteiden muutosta. Ne kruunasi ulkomaisen omistajan tulo ČKD VAGONKA STUDÉNKA, a.s. –yritykseen ja henkilöjunien irrottaminen tuotanto- ja myyntisuunnitelmista.

Henkilöliikenteen kiskoajoneuvojen tuotanto siirrettiin uudelle yritykselle ČKD VAGONKA, s.r.o, jonka ČKD PRAHA HOLDING, a.s. yhtiö perusti 28. lokakuuta 2000. 1.1.2001 yritys muutettiin osakeyhtiöksi ja kaksi kuukautta myöhemmin se siirtyi Studénkasta uusittuihin työtiloihin Ostravassa.

Vuodesta 2005 lähtien Vagonka on ollut osa Škoda Groupia ja maaliskuusta 2008 lähtien nimellä Škoda Vagonka.

Yrityksen historian tärkeitä merkkipaaluja

• Joulukuu 1900 – “Staudinger Waggonfabrik A.G.” -yhtiön synty
• Tammikuu 2000 – ČKD VAGONKA, s.r.o. -yhtiön perustaminen
• Maaliskuu 2000 – henkilöliikenteen kiskoajoneuvojen tuotanto-osan osto ČKD VAGONKA STUDÉNKA a.s. -yritykseltä
• Marraskuu 2000 – töiden aloitus tuotannon siirtämiseksi uusiin tiloihin Ostrava – Vítkovicessa
• Tammikuu 2001 – ČKD Vagonka s.r.o. -yhtiön muuttaminen osakeyhtiöksi
• Maaliskuu 2001 – toiminnan aloitus uusissa tiloissa Ostravassa
• Elokuu 2001 – yritykselle myönnettiin ISO-standardien mukainen sertifikaatti
• Elokuu 2001 – solmittiin ensimmäinen „Ostrava“-sopimus Dm12-moottorivaunujen toimituksista Suomeen
• Kesäkuu 2002 – maalaamon toiminnan aloitus
• Elokuu 2002 – vuokrattujen tuotantotilojen ostaminen a.s. Vítkovice -yhtiöltä
• Kesäkuu 2004 – Dm12-moottorivaunun roll out, ensimmäinen Ostravassa valmistettu uusi tuote
• Maaliskuu 2005 – Vagonkasta tulee Škoda Groupin jäsen
• Maaliskuu 2008 – ČKD VAGONKA, a.s. -yhtiön nimeksi muutettiin ŠKODA VAGONKA a.s.
• Maaliskuu 2013 – EJ 471 -yksikköjen tuotannon lopettaminen, yhteensä valmistettiin 83 kolmevaunuista yksikköä
• Helmikuu 2020 – käynnistettiin Uusi Vagonka -projekti